تطور هيكل تنفيذ المشروع من خلال مراعاة توجيهات الهيئة المتعاقدة، والدروس المستفادة من تنفيذ مشاريع سابقة لدعم الديمقراطية في الأردن، والممارسات الفضلى لإدارة مشاريع مماثلة.
للارتباط الوثيق بين الإدارة والتنسيق، خاصة في سياق عمل التحالف، تبنى المشروع مستويات مختلفة من التنسيق. وكما أشارت بعثة الاتحاد الأوروبي في توضيحها "إن التنسيق والاتساق والتكامل بين عناصر المشروع الثلاثة لأمر هام وحاسم في واقع التنفيذ".
لهذا، فإن البرنامج العام (المكونات الثلاث، والتي يديرها التحالف، بالإضافة للكمون الرابع، دعم مؤسسات المجتمع المدني، والذي تقوم على إدارته الوكالة الإسبانية للتعاون الدولي والتنمية) يتم تنظيمه على النحو التالي: